Struktur organisasi Fakultas Kedokteran Universitas Muhammadiyah Palembang disusun untuk mendukung tata kelola fakultas yang efektif, efisien, transparan, dan akuntabel dalam pelaksanaan Tridarma Perguruan Tinggi. Struktur organisasi ini menjadi landasan dalam mengoordinasikan berbagai fungsi akademik, administrasi, penelitian, pengabdian kepada masyarakat, serta pengembangan institusi secara berkelanjutan.

Kepemimpinan fakultas dipimpin oleh Dekan yang didukung oleh Wakil Dekan sesuai bidang tugas dan tanggung jawab masing-masing. Dalam pelaksanaannya, struktur organisasi juga melibatkan Program Studi, unit-unit pendukung akademik, laboratorium, tenaga kependidikan, serta berbagai unsur yang berperan dalam mendukung penyelenggaraan pendidikan kedokteran yang berkualitas.